Научно-исследовательском институте фундаментальной и прикладной медицины имени Б. Атчабарова (НИИ ФПМ им. Б. Атчабарова) – это структурное подразделение Университета, встроенное в инфраструктуру Научно-технологического парка.
Главными целями НИИ ФПМ им. Б. Атчабарова является:

• подготовка высококвалифицированных специалистов с высшим образованием и научно-педагогических кадров высшей квалификации с высоким базовым уровнем фундаментальных медико-биологических знаний, владеющих современными методами и технологиями в здравоохранении, на основе интеграции образовательной, научно-исследовательской и инновационной деятельности;
• укрепление позиций Университета как ведущего научно-образовательного комплекса страны по подготовке элитных специалистов и команд профессионалов мирового уровня для кадрового обеспечения национальной системы здравоохранения;
• развитие фундаментальных и прикладных научных исследований по актуальным проблемам и направлениям медицины.

• Виварий
• Научная лаборатория «Центр коллективного пользования»
• Центр медицины и общественного здоровья
• Учебно-научный центр неврологии и прикладных нейронаук

• Организация учебно-практической деятельности в следующих основных направлениях:
  • Клинико-лабораторная диагностика;
  • Клинико-экспериментальные исследования;
  • Экспериментальная фармакология;
  • Проведение тематических мероприятий по профилю.
• Научно-методическое обеспечение реализации основных образовательных программ:
  • Консолидация научно-образовательного потенциала через создание и организацию деятельности временных научных коллективов;
  • Обеспечение взаимодействия фундаментальной и прикладной науки с образовательным процессом на всех его стадиях;
  • Привлечение обучающихся Университета к научным исследованиям, оказание научно-методической поддержки при выполнении обучающимися и работниками научно-исследовательских работ.
• Материально-техническое обеспечение образовательного и научного процессов:
  • Создание централизованной научной клинико-диагностической лаборатории для клиник Университета.
• Научно-исследовательская и экспертная деятельность:
  • Проведение научных исследований фундаментального и прикладного характера по различным направлениям медицинской науки;
  • Разработка нормативно-правовых документов, регламентирующих научно-исследовательскую деятельность в Университете;
  • Консультация структурных подразделений по выполнению научно-исследовательской работы;
  • Участие в республиканских, зарубежных и международных научно-исследовательских проектах, организованных на основе государственных программ, программ международных организаций здравоохранения и инициативных проектов;
  • Оказание экспертных и консалтинговых услуг в области лабораторной медицины, клинической лабораторной диагностики.
• Клинико-диагностическая деятельность:
  • Оказание платных консультационных, лабораторных, диагностических и клинико-экспериментальных услуг сторонним организациям, в т.ч. НИИ.
• Сотрудничество и международная деятельность:
  • Налаживание связи с научными центрами других стран по обмену опытом между учеными, педагогами, магистрантами и студентами;
  • Налаживание деловых контактов с государственными органами управления здравоохранением и образованием, казахстанскими, зарубежными и международными организациями здравоохранения и образования по профилю, организация взаимовыгодных форм сотрудничества;
  • Организация приглашения ведущих научных и научно-педагогических специалистов других стран, в том числе по линии «Visiting Professor»;
  • Участие и содействие в проведении конференций, симпозиумов, семинаров по актуальным вопросам фундаментальной медицины с участием студентов, аспирантов, научных работников.