Университет кеңесінің негізгі мақсаты университетте ғылымды дамытудың стратегиялық мәселелерін шешуге профессор-оқытушылар құрамы мен студенттерді қатыстыру арқылы ғылыми-зерттеу жұмыстарын үйлестіру және жандандыру болып табылады.

• Университеттің ғылыми қызметінің стратегиясын әзірлеу;
• Университет оқытушылары мен қызметкерлерінің ғылыми қызметін бағалау нәтижелері бойынша материалдық және моральдық ынталандыру жүйесін жетілдіру арқылы ғылыми жұмыстың беделін көтеру;
• Университетте ғылыми-зерттеу жұмыстарын дамыту және жаңғырту бойынша қоғамдық бастамаларды ілгерілету және қолдау;
• Ғылыми зерттеулердің басым тақырыптарын анықтау (бастама, ғылыми-техникалық прогресс, оның ішінде шетелдік ғалымдардың қатысуымен);
• Университетте тұрақты ғылыми үйірмелер, семинарлар, ғылыми қоғамдар ұйымдастыруға ықпал ету;
• Университеттің басқа бөлімдерімен және бөгде ұйымдармен Кеңес жұмысын ұйымдастыру;
• Университеттің ғылыми қызметін көп арналы қаржыландыруды дамытуға ықпал жасау;
• Ғылыми-зерттеу қызметін дамытудың басым бағыттары бойынша Ғылыми кеңестер құру;
• Ғылыми кеңестің жоспарларын бекіту;
• Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің, Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігінің, университеттің және басқа да қаржыландыру көздерінің жарияланған байқауларға сәйкес ғылыми бағыттар бойынша байқауларға қатысуға, ұсынылған жобаларға сараптама жүргізу.
• Жүргізілетін ғылыми зерттеулер бойынша ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет туралы аралық және қорытынды есептерді бекіту, сондай-ақ ғылыми зерттеулердің орындалуын бақылау;
• Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігінің Білім және ғылым саласындағы бақылау комитетіне ғылыми атақ беруге кандидаттарды қарау және ұсыну;
• Университеттің ғылыми және құрметті атақтарын, шәкіртақылары мен марапаттарын бекіту және беру;
• Магистранттар мен PhD-докторанттардың ғылыми жетекшілері мен ғылыми жетекшілерінің диссертация тақырыптарын бекіту;
• Университеттің студенттік ғылыми қоғамы мен жас ғалымдар кеңесінің қызметін үйлестіру
• Сапа менеджменті жүйесінің талаптарына, университеттің сапа саясатына және сапа саласындағы университеттің басқа да ішкі нормативтік құжаттарына сәйкес талаптарын сақтау;
• Сыбайлас жемқорлыққа қарсы іс-қимыл бөлігінде сыбайлас жемқорлыққа қарсы басқару жүйесінің, сыбайлас жемқорлыққа қарсы саясаттың, Қазақстан Республикасының ішкі тәртіп ережелері мен заңнамалық актілерінің талаптарын сақтау.

• Ғылыми кеңестің қарауына ұсынымдар беру үшін гранттық қаржыландыруға, клиникалық зерттеу жұмыстарына өтінімдердің нысандары мен көлемін анықтау;
• Ғылыми кеңестің қарауына ұсынылатын ғылыми-зерттеу жұмыстарының жылдық және қорытынды есептері;
• Ғылыми-зерттеу жұмыстарының тақырыптары және докторанттың ғылыми жетекшілігіне кандидаттар, магистранттың ғылыми кеңесшісі;
• Ғылыми-әдістемелік ұсыныстарды, монографияларды, енгізу актілерін қарау;
• Қажетті кәсіптік білімі бар, бірақ дауыс беру құқығы жоқ мамандар қатарынан Кеңес мүшелері болып табылмайтын адамдарды Кеңес отырыстарына қатысуға жұмылдыру;
• Ұсынылатын ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламалардың ғылыми жаңалығын, ғылыми-техникалық деңгейін, перспективаларын, даму дәрежесін, сұралатын қаржыландыру көлемінің экономикалық орындалатындығын бағалау;
• Бір реттік мәселелерді шешуге уақытша жұмыс топтарын құру;
• С.Ж.Асфендияров атындағы ҚазҰМУ жаңа ғылыми бағыттар бойынша қажеттіліктерін бағалау;
• Іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулерге арналған ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларды, сондай-ақ университет бюджетінен қаржыландыруға ұсынылатын ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру жобаларын конкурстық іріктеуді жүзеге асыру;
• Ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру, сондай-ақ ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларды іске асыру мониторингі нәтижелері туралы аралық және қорытынды есептерді қарау , ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру жобалары, осындай есептерді қарау нәтижелері бойынша шешімдер қабылдау;
• Өз қызметі шеңберінде Стратегиялық бағыттарды және Университетті дамыту бағдарламасын уақтылы іске асыру және стратегиялық мониторинг бөліміне,стратегиялық көрсеткіштерді қоса алғанда, олардың орындалуы туралы ақпаратты ұсыну;
• Университеттің сапа менеджменті жүйесін жетілдіру бойынша шараларды жүзеге асыруға ықпал ету (ескертпелерді уақтылы жою, сыртқы/ішкі аудит ұсынымдарын орындау және т.б.);
• Сыбайлас жемқорлыққа қарсы саясаттың ықтимал немесе нақты бұзушылықтары, мүдделер қақтығысын шешу ережелері, сыбайлас жемқорлық тәуекелдері немесе инциденттері және сыбайлас жемқорлыққа қарсы іс-қимыл мәселелері бойынша университеттің басқа да ішкі нормативтік құжаттарының талаптары туралы университет басшылығын хабардар ету процесін жүргізу