Балалар жұқпалы аурулары кафедрасы 1952 жылы 1-ші қыркүйекте негізі қаланды.
1952-1954 жыл аралығында кафедраны профессор Е.Н. Бартошевич басқарды.
1954-1987 жыл аралығында кафедра тізгінін профессор Т.Н. Никонова қолына алды.
Қаз ССР ғылымына еңбек сіңірген қайраткер Т.Н. Никонованың қолынан 5-монография, соның ішіндегі біреуі Аль-Фараби атындағы сыйлықтың иегері. 225 –тен аса ғылыми еңбектері жарияланды. Т.Н. Никонова 50-ден аса ғылыми кандидатты дайндап шығарын, 4-докторлық диссертацияның ғылыми кеңесшісі болды.
1987-1997 жыл аралығында кафедраны басқару қызметіне Т.Н.Никонованың 1-ші аспиранты профессор Е.А.Огай келді. Е.А.Огай барлық күш жігерін салып, жас ғалымдарды дайындауға және кафдраның өркендеуіне жемісті еңбек етті. 2- докторлық диссертацияға ғылыми кеңесші болып 15- кандидаттық диссертацияның ғылыми жетекшісі болды. 160-тан аса ғылыми еңбектері жарияланды.
1998-ші жылдан бастап « Балалар жұқпалы аурулары» кафедрасының меңгерушісі профессор Е.А.Огайдың оқушысы профессор м.ғ.д. Құттықожанова Ғ.Ғ кафедра меңгерушісі қызметін атқарды.
Ұлы ғалым Т.Н. Никонова негізін қалаған кафедраның дәстүрлерін Құттықожанова Ғ.Ғ осы күнге дейін жалғастыруда. Шәкірттер дайындауда үлкен еңбек етуде. 6-кандидаттық диссертациямен 2-докторлық диссертацияға жетекшілік етті.
Кафедраның ардагерлері доценттер: Қасымбекова Р.Г, Григорьева Т.П, Сұлтанова Т.А, Шелехова Н.Ф, Құрманғалиева А.А. осы күнге дейін жемісті еңбек етуде.
Кафедрада орта буын өкілдерімен жас оқытушы мамандары қызмет етеді.
Кафедра мына ғылыми бағытта жұмыс істейді. Вирусты гепатит; Жедел-ішек инфекциясы; Зоонозды инфекциялар; Жатыр ішілік инфекциялар; Күл; ЖРВИ; Нейроинфекциялар.
Кафедра ұжымының жаңалықтарында бірнеше потенттерімен рационализаторлық куәлікке ие.
1989 жылдан бері 24-тен аса әдістемелік нұсқаулармен оқу құралдары, монографиялар шығарылды.
Кафедраның профессорлық, оқытушылық құрамы Қазақстан Республикасының Денсаулық сақтау жүйесіне үлкен көмек көрсетуде. Ауыр жағдайдағы науқас балаларға дер кезінде кеңес, көмек беріледі.
Кафедра ұжымымен «БҚКЖАА» дәрігерлерімен жемісті еңбегінің айғағы «Жылдың үздік ауруханасы» конкурсында номинант аталуы.
Тәрбие жұмысы:
Балалар жұқпалы аурулары кафедрасының оқытушылары жан-жақты еңбек етумен қатар болашақ мамандарды тәләм-тәрбие беруде үлкен үлес қосуда. Жас дәрігерлерді мамандыққа баулу, рухани, салауатты отанға деген патриоттық сезімді қалыптастыру негізінде жүргізіледі.
Студенттер кафедрада өткізілетін ғылыми конференцияларға, мәдени шараларға қызығушылық танытып, белсенді қатысады.
80-жылдық тарихы бар Ұлттық Медицина университетінің «Балалар жұқпалы аурулары» кафедрасы болшақ дәрігерлерді дайындауда жемісті еңбек етуде.