Университетті дамыту институтының құрылуы барысында төмендегідей құрылымдық бөлімшелер кірді:
– Стратегиялық жоспарлау бөлімі;
– Халықаралық ынтымақтастық бөлімі;
– Сапа менеджмент жүйесі бөлімі;
– Білім сапасын зерттеу, бақылау және медициналық білім реформасын ғылыми тұрғыда негіздеу орталығы;
– Аккредитация және рейтинг тобы;
– Х.С.Насыбуллина атындағы педагогикалық шеберлік мектебі.
